Yogyakarta yang sarat dengan pariwisata budayanya mengandung sejarah yang sangat panjang. Salah satu ikon budaya yang sarat dengan sejarah adalah kraton Yogyakarta. Sejarah politik masa lalu sudah berlangsung ratusan tahun sebelum tahun kemerdekaan republik Indonesia.
Keraton Yogyakarta mulai didirikan oleh Sultan Hamengku Buwono I beberapa bulan pasca Perjanjian Giyanti pada tahun 1755. Lokasi keraton ini konon adalah bekas sebuah pesanggarahan yang bernama Garjitawati.
Pada Tahun 1558 M Ki Ageng Pemanahan dihadiahi wilayah Mataram yang masih kosong oleh Sultan Pajang atas jasanya mengalahkan Arya Penangsang. Ki Ageng Pemanahan adalah putra Ki Ageng Ngenis atau cucu Ki Ageng Selo tokoh ulama besar dari Selo kabupaten Grobogan.
1577 Ki Ageng Pemanahan membangun istananya di Pasargede atau Kotagede. Selama menjadi penguasa Mataram ia tetap setia pada Sultan Pajang.
1584 Beliau meninggal dan dimakamkan di sebelah barat Mesjid Kotagede. Sultan Pajang kemudian mengangkat Sutawijaya, putra Ki Ageng Pemanahan sebagai penguasa baru di Mataram. Sutawijaya juga disebut Ngabei Loring Pasar karena rumahnya di sebelah utara pasar.
Berbeda dengan ayahnya, Sutawijaya tidak mau tunduk pada Sultan Pajang. Ia ingin memiliki daerah kekuasaan sendiri bahkan ingin menjadi raja di seluruh Pulau Jawa.
1587 pasukan Pajang yang akan menyerbu Mataram porak-poranda diterjang badai letusan Gunung Merapi. Sutawijaya dan pasukannya selamat.
1588 Mataram menjadi kerajaan dengan Sutawijaya sebagai Sultan bergelarSenapati Ingalaga Sayidin Panatagama artinya Panglima Perang dan Ulama Pengatur Kehidupan Beragama. Sebagai dalih legitimasi kekuasaannya, Senapati berpendirian bahwa Mataram mewarisi tradisi Pajang yang berarti bahwa Mataram berkewajiban melanjutkan tradisi penguasaan atas seluruh wilayah Pulau Jawa.
1601 Panembahan Senapati wafat dan digantikan putranya, Mas Jolang yang kemudian dikenal sebagai Panembahan Seda ing Krapyak.
1613 Mas Jolang wafat kemudian digantikan oleh Pangeran Arya Martapura. Tetapi karena sering sakit kemudian digantikan oleh kakaknya Raden Mas Rangsang yang bergelar Sultan Agung Senapati Ingalaga Abdurrahman dan juga terkenal dengan sebutan Prabu Pandita Hanyakrakusuma.
Pada masa Sultan Agung kerajaan Mataram mengalami perkembangan pada kehidupan politik, militer, kesenian, kesusastraan, dan keagamaan. Ilmu pengetahuan seperti hukum, filsafat, dan astronomi juga dipelajari. 1645 Sultan Agung wafat dan digantikan putranya Amangkurat I.